Regulacija ventilacijskih jedinica služi za učinkovito upravljanje dovodom i odvodom zraka, često i s povratom topline. Elektronički upravljački sustavi omogućuju postavljanje načina rada, vremenskih programa ili povezivanje sa senzorima CO₂, vlage ili temperature. Napredni modeli podržavaju i povezivanje s pametnim domom ili daljinsko upravljanje. Automatizacija ventilacije tako značajno doprinosi udobnosti, zdravlju i uštedi energije.